Nie znam się zbytnio na metodach kompresji ale to w .MKV zawsze są filmy w hd, a AVI to raczej niższa rozdzielczość filmów.
jaki format wybrać?
Ja stawiam na Tolka Banana.
Zalezy co masz na mysli pytajac o "leprze".
Najwidoczniej sobie jednak tej sprawy nie zdajesz - te formaty to kontenery co oznacza, że służą tylko za zgrabne opakowanie dla strumieni multimedialnych. To co powinno Cię interesować to używane przez Ciebie kodeki audio i wideo które będą zawierały realną treść nagrywanego materiału. Tak długo jak nie planujesz dodania tam osadzonych napisów, podziału na rozdziały czy dodania fikuśnego multimedialnego menu różnica pomiędzy AVI czy MKV nie odgrywa dużego znaczenia.
Ale żeby dać już jakąś konkretną odpowiedź na trapiące Cię pytanie - z uwagi na czystą wygodę i lepsze wsparcie dla kodeków obrazu o wysokiej rozdzielczości lepiej wybrać MKV.